Im Lauf der Zeit musste das Ijsselmeer verschiedene Veränderungen seiner Gestalt über sich ergehen lassen.
 
Geologen haben festgestellt, dass das einstige Binnenmeer bereits in der Eiszeit entstanden ist. Von Norden her schob sich damals ein dicker Eispacken über das Gebiet. Infolge dessen schliff sich der Boden aus. Zugleich wurden mit dem Eis viele Steine und Geschiebelehm in die Niederlande befördert. Hier und da entstanden grosse Buckel.
Die Klippen an der friesischen Südküste und Wieringen und Urk - im Grunde grosse Schiebelehmhöcker - erinnern noch daran.
 

In den von den Eismassen ausgeschliffenen Flächen entstanden aufgrund von Temperaturanstiegen Sümpfe und Moorgebiete. Ausserdem stieg der Seewasserspiegel an. Bei schweren Stürmen drang das Seewasser ins Land hinein und schlug grosse Breschen in die Torfschichten.
 
Das Resultat war, dass die See tief ins Land hinein für grosse Wasserflächen sorgte. Später wurde dieses Binnenmeer infolge der Anschlämmung in das, was jetzt das Watt darstellt, von der Nordsee abgeschlossen. So erhielten die Niederlande ihr Flevomeer. Aber auch diese Situation sollte sich wieder ändern. Starke Sturmfluten und ein weiterer Anstieg des Seespiegels hatten zur Folge, dass dieser Abschluss durchbrochen und das Flevomeer ein Binnenmeer wurde. Dieses Meer wurde Almere und viel später die Zuidersee genannt.
 
Vor etwa 700 Jahren hatte diese Zuidersee die Form des Ijsselmeeres von vor dem Bau des Abschlussdeichs und der Anlage der Polder Wieringermeer, Noordoostpolder und Flevoland (Zuiderseewerke). Der Abschluss der Zuidersee hatte grosse Folgen für Landschaft und Natur.
 
Das Salzwasser wurde Brackwasser und anschliessend Süsswasser. Der Wechsel von Ebbe und Flut hörte auf. Die Sandbänke des Makkumer und Workumer Waard und die Mokkebank kamen nicht mehr unter Wasser zu stehen. Sie erhielten einen besonderen Bewuchs und entwickelten sich zu grossartigen Naturgebieten. Zwar verschwanden die Seehunde und andere Salzwassertiere aus dem Gebiet, aber dafür kam viel anderes wieder.